Každá metóda, diagnostická i liečebná, má svoje kontraindikácie. V našom prípade teda uvádzame, kedy sa nesmie magnetoterapia aplikovať.

V tehotenstve – na vylúčenie rizika ovplyvnenia vývoja plodu.

U pacientov s kardiostimulátorom – môže dôjsť k poruche prístroja s fatálnymi následkami. Neodporúčame aplikáciu ani na vzdialené časti tela, pretože nie je istota, že sa pacient pri pohybe (napr. predklonení) nepriblíži kardiostimulátorom k aplikátoru.

Pri krvácaní akéhokoľvek pôvodu – z tráviaceho traktu, z konečníka, vykašliavanie krvi, menzes a pod., pretože NPMP zintenzívňuje prekrvenie tkaniva a krvácanie by bolo podporované.

Pri bolesti na prsiach - kedy nemožno vylúčiť infarkt myokardu a mohlo by mať za následok ovplyvnenie srdcového rytmu až srdcovú zástavu.

Z preventívnych dôvodov neaplikujte u osôb, ktoré boli v minulosti liečené na nádorové ochorenie (aj keď zahraničná literatúra uvádza pozitívne účinky pulzných magnetických polí na metastázy kostí a pod.). 

Magnetoterapia sa preventívne neaplikuje ani  pri epilepsii alebo iných záchvatových stavoch, pretože nemožno vylúčiť zvýšenú pohotovosť k záchvatu pri aplikácii. Napriek tomu pri mnohých poúrazových epilepsiách, kde magnetoterapia pomáha hojiť poškodené tkanivá a pôsobí protiopuchovo, môže byť významným liečebným prínosom.

Odporúčame venovať zvýšenú pozornosť pacientom s vysokým krvným tlakom, najmä keď sa aplikátor prikladá na oblasť chrbta či krčnej chrbtice. Magnetické pole vo väčšine prípadov vyvoláva prechodné zníženie krvného tlaku, a preto odporúčame po ukončení aplikácie ešte 10 – 15 minút pokoj na lôžku alebo v sede. Náhle postavenie môže viesť k závratu až ortostatickému kolapsu.